曹爽點頭道：“王司空所言不錯，像荀令君這樣的人物是為我大魏的建立興起做出過大貢獻的，
但荀令君這樣的人在世家中是何其的少，荀令君這樣的只是風毛菱角罷了，若是如今世家中能有這樣的人物，朝廷自會重用之。”
曹爽頓了頓又開口道：“如今世家中更多的還是像當初司馬懿這樣的狼子野心之輩，這讓朝廷如何能對世家之人完全放下戒心？”
當時董卓威陵天下，曹操問計于荀彧，荀彧說：“董卓殘暴已經超出常理，一定會因禍亂暴斃，不會有什么作為的。”后董卓派李傕等出關東，虜略各地，至潁川、陳留而歸。荀彧鄉人多數死于戰亂。
初平三年（192年），曹操領兗州牧，后為鎮東將軍。
荀彧則以司馬身份隨其征戰。荀彧興平元年（194年），曹操東征徐州牧陶謙，張邈、陳宮乘機在兗州反曹，暗中迎接呂布。
時荀彧和壽張令程昱守鄄城（今山東鄄城北，兗州治所），呂布到后，張邈派劉翊告訴荀彧：“呂將軍來幫助曹使君進攻陶謙，應該馬上供給他們軍備糧食。”
眾人疑惑，唯荀彧知其計，立即命令軍隊加強防，并急召東郡太守夏侯惇。而兗州諸城皆響應張邈，投靠呂布陣營。
當時曹操率大軍出征，留守的兵力很少，而且很多人都與張邈、陳宮勾結。
夏侯惇到后，乘夜誅殺謀反者數十人，軍心乃安。
豫州刺史郭貢受呂布煽動，率眾數萬來攻，軍中甚懼。
郭貢要求見荀彧，荀彧準備前往，夏侯惇等人說：“您是一州的屏障，如果前往一定會有危險的，不可以去。”
荀彧說：“郭貢與張邈他們，平素并沒有什么往來，現在來得急，計劃肯定還沒有定下；現在趁他計策未定來游說，就算不能幫助我們，也可以使他保持中立，如果先懷疑，那他就會惱怒而定計了。”
于是出城會見郭貢，郭貢見荀彧毫無懼意，認為鄄城易守難攻，引兵而去。
荀彧又與程昱定計，保全了范、東阿。卒全三城。不久，曹操回師濮陽擊敗了呂布。
興平二年（195年）正月，曹操擊敗侵入定陶（今山東定陶西北）的呂布軍。
五月，曹操向駐軍巨野（今山東巨野東北）的呂布部將薛蘭、李封發動攻擊，呂布親自援救，被曹操擊敗，撤退而走。曹操殲滅巨野守軍，斬薛蘭、李封，乘勝進駐乘氏（今山東巨野西南）。
此時，陶謙已死，曹操獲悉后，打算趁機奪取徐州，再回軍消滅呂布。
荀彧勸阻說：“當年漢高祖保守關中，光武帝占據河內，都是先鞏固基地以控制天下，這樣進可以制勝，退可以固守，所以雖有困難曲折卻最終能完成大業。
將軍本來是憑兗州起事，平定山東禍亂，百姓無不心悅誠服。
況且兗州跨黃河、濟水，是天下要沖，現雖殘破，但還可以自保，此地就是將軍您的關中、河內，不得不先穩定它。
如今我們已擊潰了李封、薛蘭，如果分兵東擊陳宮，陳宮必定不敢西顧，我們趁機組織隊伍收割麥子，節約糧食，儲備谷物，就可以一舉打垮呂布。
然后向南聯合揚州的劉繇，共討袁術，以控制淮水、泗水一帶。
如果舍棄呂布不打而東攻徐州，多留守兵則攻城不夠，少留守兵就會征百姓也來守城，不能打柴拾草。
呂布乘機侵擾殺掠，民心將更恐懼，只有鄄城、范、衛三處可以保全，其余的地方都不為我們所有，這樣就等于失去了兗州。
要是徐州攻不下，將軍將安身于何處？何況陶謙雖死，徐州也不易攻破。
徐州已鑒于往年的失敗，將會因畏懼而緊密聯合，內外相應。
現東方都已收麥，必會堅壁清野以防將軍；將軍久攻不下，搶掠又無收獲，不出十天，十萬人馬尚未開戰自己先已困乏了。
上次討伐徐州，實行了以暴力相懲罰，徐州子弟想到父兄被殺的恥辱，必定會誓死奮戰，沒有投降之心，即使能攻下徐州，還是不能占有它。
天下確實有舍這取那的事，以大換小，是可以的，以平安換危險，也是可以的；權衡一時的形勢，不顧忌根基不穩固，一樣是可以的。現今三者無一有利，希望將軍對這種情況細細權衡。”
曹操采納荀彧的意見，放棄進攻徐州的企圖。抓緊戰機，收割熟麥，儲存糧秣，積蓄實力。
不久，曹操大敗呂布，呂布連夜棄營撤往徐州。曹操乘勝攻取定陶城，并分別派出部隊收復兗州各縣，兗州遂平。此戰的獲勝，對曹操以后統一北方，成就大業，具有重要的意義，荀彧功不可沒。
建安元年（196年）正月，荀彧與程昱共勸曹操派兵西迎天子，曹操于是令曹洪率兵西進。衛將軍董承與袁術部將萇奴拒險阻擋，曹洪不得通過。二月，曹操擊敗黃巾軍，平定潁川。
七月，漢獻帝劉協在楊奉、董承等護衛下，從長安（今陜西西安西北）返回洛陽（今河南洛陽東北）。
在要不要奉迎天子建都許縣的問題上，曹軍內部發生了爭執。多數人不同意迎接獻帝，理由是徐州還未平定，韓暹、楊奉剛剛將天子迎到洛陽，往北聯結張楊，暫時還不能控制他們。
荀彧則對曹操說：“從前晉文公迎周襄王返回而諸侯服從，漢高祖東征項羽，為義帝穿素服發喪而天下歸心。自從天子蒙亂，將軍您首先倡導義兵勤王，只是因為山東地區紛擾戰亂，還不能遠赴關右，但還是分派將領，冒險與朝廷通使節，雖挽救國難于朝廷之外，而心無時不系于王室，這是將軍誠扶天下的一貫志向。誠因此時奉主上以從人望，大順也；秉至公以服雄杰，大略也；扶弘義以致英俊，大德也。天下雖有逆節，不能為累，明矣。韓暹、楊奉怎么敢為害呢？如不及時扶正朝廷，天下將生叛離之心，以后即使考慮此事，也來不及了。”
曹操認為荀彧之言有理，遂應安集將軍董承的秘密召請，親率大軍進抵洛陽，被任命為司隸校尉，奉迎獻帝遷都許縣（今河南許昌東）。
曹操被封為大將軍、武平侯，荀彧也升為漢侍中，守尚書令。此造成曹操奉天子以令諸侯的戰略優勢，并為其此后統一戰爭（參見曹操統一北方的戰爭）的順利實施，奠定了基礎。