雖說在上杉清定的安排下，北條家、太田家、巖城家、里見家、佐竹家、宇都宮家、和賀家、稗貫家、木曽家、那須家等上杉家旗下大名、旗下國人領主的軍勢陸陸續續離開了山城，踏上了歸鄉之路，但山城、丹波、近江三國境內，仍然保有七萬五千余軍勢，以及兩萬余陣夫。
而且，北陸眾旗頭柿崎景家所部三千余軍勢還被清定留下，并調其經略播磨一國。
再加上，才倒向偽朝一方不久的伊勢北畠家，在上杉軍偏師以及東牟婁郡諸將的兩面夾擊之下，幾乎沒有還手之力，連連丟城失地、損兵折將，就連前任家督北畠晴具都于大河內城兵敗切腹而亡。
這就使得長宗我部家高層對于上杉家如此明目張膽的摻沙子行為是敢怒不敢言。
至于突然被上杉家免除牢獄之災的一條內基，在驚魂未定的情況下，獲封正五位上侍從兼土佐守的官位。
就在一條內基還以為自己能前往越后府中，重新出仕朝廷之際，就被從一位左大臣兼中務卿、藏人所別當、左兵衛督、鎮守府將軍等職的上杉清定一紙調令，前往紀伊，去與安宅信康會合后下向土佐。
此時的一條內基可不敢說一個不字，他深刻體會過京都所司地牢的生活后，可不愿自己再度過上牢獄生活。
由于長宗我部家接連用兵高岡郡、幡多郡、安藝郡、香美郡、長岡郡、土佐郡、吾川郡，范圍幾乎波及土佐一國全境，急需休養生息。
加上盤踞在吾川郡神森鄉的神森通茂并沒有一味的堅守神森城，反而是趁著長宗我部家發兵干預土佐國司一條家內訌，以及駐軍安藝家舊領之際，先是對古井森城城主弘瀨權之丞曉以利害，將其寢反。
而后，神森通茂更是聯合弘瀨權之丞，一舉將長宗我部家控制之下的城之森城攻落，討取自城代谷式部左衛門以下一百余人。
如此一來，神森通茂再度恢復了與主家本山家之間的聯系。
當然，神森通茂可沒有因奪回一城一池而見好就收，他深知長宗我部元親并非泛泛之輩，若是等到長宗我部家緩過神來，那么神森城必然會再度遭到長宗我部家大軍的圍攻。
于是，神森通茂一面派遣使者前往本山城，請求主家再度發兵南下收復失地，一面自行發兵襲擾朝倉城、萬萬城、三谷城、杓田城、福井別城等被長宗我部家控制的城池兵砦，迫使長宗我部家無法對這些地區實行有效的統治。
然而，如今的本山家已是元氣大傷、一蹶不振，連自保都成問題，哪里還有余力來響應神森通茂發兵南下？
自從本山茂辰、本山貞茂父子慘敗于米田原之戰后，本山家的士氣、戰力皆遭到了毀滅打擊。不僅大量同族、譜代家臣、旗下國人領主戰死沙場，戰后更有不少家臣、旗下國人領主接二連三、絡繹不絕的向長宗我部家投降，導致本山家的軍事防御基礎土崩瓦解。
本山貞茂為了表現出沒有對神森一族不聞不問，便派遣同族重臣本山式部大輔率一百余軍勢南下前去支持神森通茂的行動。
另一方面，長宗我部元親深知眼下的長宗我部家在尚未攻滅宿敵本山家，以及穩固東土佐諸郡的統治之前，與上杉家交惡并非明智之舉，也明白人在屋檐下不得不低頭這個道理。他繼承了其父長宗我部國親能屈能伸的精神，并沒有選擇與名義上的主家上杉家撕破臉，反而下令鎮守在原土佐一條家本據中村御所的吉良親貞將中村御所移交給一條內基、安宅信康等人后，就率軍撤入高岡郡。
但長宗我部元親對上杉清定認自己的正室石谷水心為養女之事還是感到非常高興的，這比他兼任阿波守護職還要高興。
雖然先前清定以征夷大將軍足利義氏的名義，將四國探題、土佐守護兩職授予長宗我部元親，但長宗我部家終究在上杉家中屬于外樣大名，且貢獻還不及屢吃敗仗的金吾畠山家。
可隨著石谷水心成了上杉清定的養女后，長宗我部元親就在上杉家中的地位是水漲船高，與上杉清定本人的關系也拉近了不少。
在考慮到土佐國司一條家有支持長宗我部家恢復家名的恩情在，長宗我部元親在上書謝恩的同時，冒著觸怒上杉清定的風險為一條內政求情，希望上杉清定能網開一面，赦免年幼的一條內政。
與此同時，對于上杉家派來的一條內基、安宅信康等人從長宗我部家手中接管中村御所之事，安宗實刻、小島政章、二宮惟宗、依岡左京進、加久見左衛門、大歧左京進、大冢八木右衛門等原土佐國司一條家家臣們是非常樂意見到的。
況且，一條兼定先前不僅表態支持偽朝，還接受偽朝從三位左近衛中將兼權中納言的官位。在偽朝被官軍討伐后，一條兼定所擔任的官位也就不再被當今朝廷認可，成了白身。
就算一條內基僅僅只有正五位上侍從兼土佐守的官位，至少是現任一條總領家家督、一條氏一門總領，還是從京都下向而來，自然是比一條兼定、一條內政父子的身份要尊貴的多。
就這樣，安宗實刻、小島政章、二宮惟宗、依岡左京進、加久見左衛門、大歧左京進、大冢八木右衛門等人暫時打消了對大友家送還一條兼定之事，反而紛紛出仕一條內基，讓自己搖身一變，從此以土佐國司一條家家臣轉變為一條總領家家臣。
只是，以為松若狹守、漥川俊光、志和宗茂、廣井俊國、中脇美作守等人為首的親長宗我部家之人沒有出仕一條內基，他們為了避免自身遭到清算，被迫放棄本領，隨吉良親貞一同撤入了長宗我部家治下的高岡郡。之后，他們被長宗我部元親分別安置在高岡郡、吾川郡等新奪領地之中。
盡管長宗我部家方面只主動讓出幡多郡一郡之地，清定為了讓長宗我部家能繼續為上杉家牽制三好家、河野家等敵對勢力，也就默許了長宗我部家兼并先前土佐國司一條家治下的高岡郡一郡之事。
為了能讓一條內基、安宅信康等人盡快在幡多郡境內站穩腳跟，清定一面對主動出仕一條內基的原土佐國司一條家家臣們進行所領安堵，一面將中村御所以南，且位于四萬十川出?？诘纳铰粪l分封給安宅信康，讓其領有五千石知行地，并作為中村御所的一道有力藩屏。同時，他還安排安宅貴康進駐鄰近高岡郡境目地帶的伊田城，去擔任城代，負責維持南土佐周邊海域的安全，以及監視長宗我部家是否有叛離上杉家的舉動。